Klasifikavimas pagal „natūralius simbolius“
Linnaeus nelaikė seksualinės sistemos savo pagrindiniu indėliu į „botanikos reformaciją“, į kurią jis siekė. Pagrindinis jo indėlis buvo brošiūra „Fundamenta Botanica“ (1736; „Botanikos pagrindai“), kurioje išdėstyti principai ir taisyklės, kurių reikia laikytis klasifikuojant ir įvardijant augalus.
1735 m. Linnaeus susitiko su Boerhaave'iu, kuris pristatė Linnaeus George'ui Cliffordui - vietiniam anglų prekybininkui ir bankininkui, palaikiusiam artimus ryšius su Nyderlandų Rytų Indijos kompanija. Sužavėtas Linnaeus žiniomis, Cliffordas pasiūlė Linnaeusui savo botanikos sodo kuratoriaus pareigas. Linnaeus priėmė šią poziciją ir pasinaudojo šia galimybe išplėsti tam tikrus „Fundamenta Botanica“ skyrius atskirais leidiniais: Bibliotheca Botanica (1736; „Botanikos biblioteka“); „Critica Botanica“ (1737; „Botanikos kritika“) dėl botaninės nomenklatūros; ir „Plantarum“ klasės (1738; „Augalų klasės“). Šiose knygose išdėstytą teorinį pagrindą jis pritaikė dar dviejuose leidiniuose: Hortus Cliffortianus (1737), rūšių, esančių Cliffordo kolekcijoje, katalogas; ir „Genera Plantarum“ (1737; „Augalų generacija“), kurie pakeitė ir atnaujino augalų genčių apibrėžimus, kuriuos pirmiausia pasiūlė „Tournefort“.
„Genee Plantarum“ Linnaeusas laikė savo vainikuojančiu taksonominiu laimėjimu. Priešingai nei ankstesni kitų botanikų bandymai apibrėžti bendrąjį apibrėžimą, kuris pasireiškė savavališkų padalijimų rinkiniu, „Genera Plantarum“ pateikė sistemą, pagrįstą tuo, ką Linnaeus vadino „natūraliais genčių charakteriais“ - morfologiniais visų gėlių ir vaisių dalių aprašymais. Priešingai nei sistemos, pagrįstos savavališkais padalijimais (įskaitant jo paties seksualinę sistemą), natūraliomis savybėmis pagrįsta sistema galėtų patenkinti vis daugiau naujų rūšių, kurios dažnai pasižymi skirtingais morfologiniais požymiais, išplaukiančių į Europą iš užsienio šalių prekybos vietų ir kolonijų.
Vis dėlto Lanejaus skirtumas tarp dirbtinės ir natūralios organizmų klasifikacijos iškėlė mechanizmo, leidusio organizmams patekti į natūralias hierarchijas, klausimą. Į šį klausimą jis galėjo atsakyti tik kalbėdamas apie rūšis: rūšys, pasak Linnaeus, savo forma buvo panašios, nes kilo iš tos pačios tėvų poros, kurią pasaulio pradžioje sukūrė Dievas. Daugelis jo amžininkų turėjo panašią rūšies sampratą. Vienas iš tokių pastebimų asmenybių buvo prancūzų gamtininkas Georges-Louis Leclerc de Buffon, kuris tuo metu dalyvavo panašiame visa apimančiame gamtos istorijos projekte - nors Buffonas abejojo natūralių genčių, įsakymų ar klasių egzistavimu. Linnaeus bandė paaiškinti šių padalijimų egzistavimą hibridizacijos kontekste; tačiau natūralių hierarchijų klausimas nebus patenkintas, kol anglų gamtininkas Charlesas Darwinas nepaaiškino panašumo savo rūšies kilme (1859).
