Trento taryba.
1536 m. Gegužę popiežius Paulius paskelbė šaukimą apie jo siūlomą tarybą, kuri vyks Mantuoje. Jis taip pat įgaliojo pasirinktą kardinolų grupę parengti pranešimą apie piktnaudžiavimą bažnyčioje. Vadovaujama kardinolo Gasparo Contarini, ši grupė smerkė prastai paruoštų kunigų įšventinimą, nekompetentingų vyskupų atranką, naudos kaupimą ir religinių ordinų dekadansą, pamokslavimą ir sielų priežiūrą. Tačiau ataskaita pateko į protestantų rankas ir Lutheris pasinaudojo smurtiniu išpuoliu prieš Romos bažnyčią ir popiežių. Nepaisant to, popiežius vykdė savo planus surengti tarybą, kurią planuojama atidaryti 1537 m. Gegužės 23 d. Mantuvoje. Su begaline kantrybe Paulius siekė įveikti imperatoriaus, karalių, prelatų ir kunigaikščių pasipriešinimą, proroguodamas ir atidėdamas tarybos atidarymą vėl ir vėl per devynerius metus, tačiau pagaliau pavyko jį atiduoti savo legatui kardinolui Giovanni del Monte, Trent'e 1545 m. Gruodžio 13 d.
Nepaisydamas protestantų reikalavimo, imperatorius primygtinai reikalavo, kad taryba apsiriboja drausmės ir reformų klausimais. Nepaisant to, vyravo popiežiaus sprendimas, kad doktrinos reikalams būtų teikiama pirmenybė, ir savo ankstyvosiose sesijose Trento taryba paskelbė potvarkius dėl Šventojo Rašto kanono, pirminės nuodėmės, pateisinimo ir sakramentų bei dėl reformos. Baimė dėl maro ir ginkluotų protestantų išpuolių grėsmės paskatino popiežių priimti tarybos perkėlimą į Boloniją 1548 m. Vasario mėn. Bet imperatorius uždraudė Ispanijos ir Vokietijos prelatams vykti į Boloniją, ir popiežius turėjo sustabdyti Tarybos posėdį. 1549 m. rugsėjo 17 d. Nepaisant to, šis pirmasis Trento tarybos etapas padarė didelį žingsnį į priekį, atvedus į visapusišką Bažnyčios mokymo ir disciplinos reformą.
Popiežius Paulius per savo pontifikatą dažnai lankydavosi rūpesčių vietose Popiežiaus valstijose ir už jos ribų. Jis buvo Civitavecchijoje 1535 ir 1537 m.; 1538 m. aplankė Luką ir Piacenzą pakeliui į Nicą; pasirodė Perudžoje, kad nuraminti miestą po to, kai 1540 m. jo pajėgos palaužė Kolonos šeimos valdžią; ir 1543 m. aplankė Boloniją pakeliui į Busseto susitikti su imperatoriumi.
