Afrikos Gvinėjos ir Žaliojo Kyšulio nepriklausomybės partija (PAIGC) tose Portugalijos kolonijose rado pasirengimą palaikyti jos žinią apie socialinę ir ekonominę pažangą vykdant politinę revoliuciją. 1961 m. Ji priėmė vėliavą, panašią į kaimyninių nepriklausomų Gvinėjos ir Ganos valstybių vėliavas, kurios tuo metu svarstė būsimą Vakarų Afrikos žemių federaciją. Bisau Gvinėjos išsivadavimo judėjimas prie visos Afrikos raudonai geltonai žalios spalvos ant keltuvo juostos pridėjo juodą žvaigždę. Ši juosta ir žvaigždė geografiškai atitiko vakarinį pakrančių regioną su jo sostine Bisau (iš kurio kilo nacionalinis pavadinimas). Horizontalios juostos likusioje vėliavos dalyje ir jų geltonos bei žalios spalvos maždaug atitiko šiaurės savanas ir pietų miškus.
Oficialiai buvo sakoma, kad juodoji žvaigždė yra PAIGC vadovybės simbolis, jos spalva nurodo Afrikos žmones ir jų apsisprendimą gyventi oriai, laisvai ir taikiai. Geltona buvo aiškinama kaip derliaus ir darbo vaisių simbolis tiek žemės ūkyje, tiek kitaip. Greenas priminė didžiules džiungles ir žemės ūkio žemes, kurios pragyvenimui suteikė didžiąją dalį piliečių. Partijos vėliavoje taip pat buvo inicialai PAIGC, kurie nebuvo praleisti, kai 1973 m. Rugsėjo 24 d. Buvo paskelbta nepriklausomybė. Portugalija nepripažino Bisau Gvinėjos ar jos vėliavos tik po savo revoliucijos 1974 m. vis dėlto didelę Bisau Gvinėjos dalį jau kontroliavo PAIGC ir jos vėliava. Žaliasis Kyšulys galiausiai atsisakė PAIGC marksistinės politikos ir pakeitė savo nacionalinę vėliavą, tačiau Bisau Gvinėja išsaugojo originalų dizainą.
