Indonezijos vėliava buvo oficialiai iškelta 1945 m. Rugpjūčio 17 d., Praėjus trims dienoms po Antrojo pasaulinio karo pabaigos. Tai išliko nacionalinė vėliava, kai 1949 m. Indonezija laimėjo savo nepriklausomybės nuo Nyderlandų pripažinimą.
Vėliava, paprastas raudonų ir baltų juostų dizainas, turi ilgą istoriją. Pirmiausia ji buvo susijusi su Majapahito imperija, kuri klestėjo nuo XIII iki XVI amžiaus rytinėje Java dalyje, ir joje yra tradicinė spalvų simbolika: raudona - už drąsą, o balta - už sąžiningumą. Visai neseniai jį priėmė 1922 m. Indonezijos sąjunga - nacionalistinė organizacija iš Indonezijos studentų, studijuojančių Nyderlanduose. 1928 m. Vėliavą priėmė ir Indonezijos nacionalistų partija. Taip pat sutapo, kad Indonezijos vėliava, išskyrus matmenis, yra identiška Monako vėliavai.
