Nors Panamoje, kai XIX a. Ji buvo Kolumbijos dalis, vyko atsiskyrėlių judėjimai, nebuvo pripažintos Panamos vėliavos. 1903 m., Kai Kolumbijos senatas atmetė pasiūlytą sutartį su JAV, kuri būtų numatę Panamos kanalo statybą, amerikiečiai padėjo Panamos nepriklausomybės judėjimui ir buvo suformuota Panamos Respublika.
Iš pradžių buvo pasiūlytas vėliavos dizainas, kuriame naudojamos Kolumbijos vėliavos spalvos. Jį sudarė lygios horizontalios raudonos ir geltonos spalvos juostelės su mėlynu kantonu, turinčiu dvi susietas geltonas saulutes, simbolizuojančias dviejų planetos pusių sujungimą būsimu Panamos kanalu. Galutinai pasirinktas vėliavos dizainas tapo oficialus 1904 m. Liepos 4 d.; jis buvo padalytas kas ketvirtį su dviem žvaigždėmis. Priskiriama simbolika buvo dviejų pagrindinių vyriausybinių politinių partijų kaita (iš pradžių raudona buvo liberalams, mėlyna - konservatoriams, o balta - taikai tarp jų), nors spalvos ir žvaigždės aiškiai užsiminė apie valstybės vėliavos įtaką. Jungtinės Valstijos. Panamos vėliavą sukūrė Manuelis E. Amadoras, pirmojo naujosios respublikos prezidento sūnus.
