Sovietams atėjus į valdžią Vakarų Turkestane, žadant lygybę ir plėtrą visoms etninėms grupėms, Kirgizija 1924 m. Įgijo savo autonominį regioną. 1926 m. Jis buvo pakeistas į autonominės respublikos statusą, o 1936 m. Respublika TSRS sudėtyje 1953 m. Kirgizo SSR priėmė modifikuotą sovietinio raudonojo antraštės variantą, per centrą įterpdama balta briauna mėlyną horizontalią juostelę. Po to, kai 1991 m. Rugpjūčio 31 d. Kirgizija paskelbė savo nepriklausomybę, ji toliau naudojo savo sovietinę vėliavą iki 1992 m. Kovo 3 d.
Naujos vėliavos, kuri vis dar naudojama ir šiandien, fonas taip pat yra raudonas, tačiau buvo sakoma, kad tai kilo iš Kirgizijos nacionalinio didvyrio Manaso kilmingojo vėliavos. Vėliavos centre yra geltona saulė su 40 spindulių, atitinkančių Mano pasekėjus ir jo suvienytas gentis; kiti jos simboliniai požymiai yra šviesa, kilmingumas ir amžinybė. Ant tos saulės yra raudonos ir geltonos spalvos herbas su dviem sukryžiuotais trijų linijų rinkiniais, kiekvienas iš jų yra žiede. Tai stilizuotas tradicinių kirgizų namų stogo vaizdas - jurta. Tik nedaugelis kirgizų vis dar gyvena jurtose, tačiau iki XX amžiaus vidurio dauguma šių klajoklių jurtus rengė jurtose, kur tik keliavo. Simbolinė šio dizaino prasmė yra išsami: vėliavos įstatymas kalba apie gyvybės kilmę, laiko ir erdvės vienovę, Kirgizijos žmonių istoriją, solidarumą, židinį ir namus.
