Buvusi Didžiosios Britanijos kolonija, Seišeliai tapo nepriklausomi 1976 m. Birželio 29 d. Tuo metu iškelta vėliava turėjo kintamus mėlynos ir raudonos spalvos trikampius, atskirtus baltu įstrižu kryžiumi. Turbūt neatsitiktinai ta vėliava buvo beveik tokia pati, kokią naudojo Australazijos „United Steam Navigation Company“, kurios laivai reguliariai lankėsi salose XX amžiaus pradžioje. Vėliava neilgai truko: 1977 m. Birželio 5 d., Vadovaujant Seišelių liaudies jungtinei partijai (SPUP), įvyko revoliucija. Naujoji vėliava turėjo raudonai žalias horizontalias juosteles, atskirtas banguota balta juosta, kuri buvo tokia pati kaip SPUP vėliava, išskyrus geltonos saulės praleidimą centre.
1993 m. Užsienio valstybių spaudimas lėmė vyriausybės demokratizaciją. Valdančioji partija prarado monopoliją rinkimuose, o kitų partijų dalyvavimas vyriausybėje paskatino reikalauti mažiau partizanų tautinės vėliavos. Parlamentas patvirtino dizainą, į kurį įtrauktos įvairių partijų spalvos vėliavoje, kuri buvo iškelta 1996 m. Birželio 18 d. Vėliavos spalvos yra mėlyna (dangui ir jūrai), geltona (gyvybę teikiančiai saulei), raudona (žmonės ir jų darbai vienybės ir meilės labui), balti (už socialinį teisingumą ir harmoniją) ir žali (už žemę ir gamtinę aplinką).
